Dès sa création, l'AJSPI s'est donnée pour mission de favoriser les rapports entre chercheurs et journalistes. Quoi de mieux, pour aider les scientifiques à comprendre les enjeux et les impératifs du métier de journaliste, que de les inviter à passer une semaine dans une rédaction ? Et pour les journalistes, de passer une semaine dans un laboratoire, en dehors de toute contrainte de production de sujet ? Tel est l'esprit de la bourse d'échange chercheurs-journalistes, créé en 2001. Coorganisée avec le ministère de la Recherche, cette bourse prend en charge les frais de mission de douze chercheurs et autant de journalistes membres de l'AJSPI. Afin de donner autant de chances aux journalistes indépendants qu'à ceux en poste, les journalistes indépendants reçoivent une pige en plus de leurs frais de mission.